Los factores causantes de las diferencias individuales entre los niños en referencia a la conciencia fonológica cuando entran en la escuela tiene que ver con su dotación genética y con sus experiencias lingüísticas anteriores.

Los niños pueden variar en su capacidad para procesar rasgos fonológicos del lenguaje de la misma manera como pueden variar con respecto a sus habilidades musicales, altura o color de los cabello. De hecho, estudios con gemelos idénticos muestran que alrededor de la mitad de todas las variaciones con respecto referencia a las habilidades fonológicas es hereditario (Olson, Forsberg, Wise y Rack,1994). La búsqueda de estos últimos veinte años muestran que los niños varían significativamente “en el componente fonológico de su capacidad natural para el lenguaje”(Liberman y al. 1989, p. 17).

La capacidad para el área del procesamiento fonológico puede variar bastante independientemente de otras áreas de habilidades intelectuales aunque algunos estudios muestran una moderada correlación con la habilidad general de aprendizaje (Wagner, Torgesen, Laughon, Simmons y Rashotte, 1993). Por otra parte, es posible tener una falta de capacidad en el área del procesamiento fonológico que no afecte a la posibilidad de llegar a hablar y a comprender correctamente el lenguaje pero sí el desarrollo inicial de la lectura. La razón para esto podría ser que la lectura requiere que los niños lleguen a ser conscientes de los segmentos fonémicos de las palabras mientras que en el lenguaje no.

El ambiente lingüístico de las guarderías puede jugar también un papel muy importante en la sensibilidad por la estructura fonológica de las palabras. Algunos estudios señalan que los niños con más conocimientos de rimas infantiles a los 3 años son los que tienden a desarrollar más habilidades en conciencia fonológica a la edad de 4 años y conciencia fonémica a los 6 (Bryant, MacLean, Bradley, Crossland,1990).

Pero una vez que los niños entran a la escuela, el desarrollo de la conciencia fonológica depende no solamente de lo que haya aprendido sino de su respuesta a su instrucción. Los programas de lectura que contienen instrucciones específicas desarrollan más rápidamente la conciencia fonológica que aproximaciones que no facilitan instrucciones directas en esta área (Foorman, Francis, Fletcher,Schatschneider y Mehta, 1998). Además, niños que responden bien a las instrucciones para los inicios de la lectura desarrollan más rápidamente la conciencia fonológica que aquellos que presentan dificultades en el aprendizaje de las habilidades iniciales de lectura. En este sentido, la conciencia fonológica es causa y consecuencia de las diferencias entre los niños en relación  con el aprendizaje de la lectura. Así, aquellos que inician la lectura con una conciencia fonológica general suficientemente desarrollada entienden mejor las instrucciones, captan el principio alfabético rápidamente y aprenden a leer bastante rápido. En cambio, aquellos que llegan a primaria con una conciencia fonológica general débil, tienen dificultades para iniciar la lectura y carecen de experiencias positivas de aprendizaje o no adquieren los conocimientos de lectura y habilidades que estimularán más adelante el desarrollo y precisión de la conciencia fonológica.